Przed zmianami administracyjnymi w Polsce program realizowany w "Alternatywie" był finansowany przez Wojewódzki Fundusz Zapobiegania Narkomanii i koordynowany przez jego twórcę, mgr Helenę Strzałkowską, która była w tym czasie Pełnomocnikiem Wojewody ds. Zapobiegania Narkomanii. Od maja 2000 roku Centrum prowadzone było przez pozarządową organizację Stowarzyszenie Społeczno - Kulturalne "Krokus" z Leszna, na podstawie umowy z Urzędem Miasta Leszna. W wyniku zaangażowania osób skupionych wokół realizacji programu Młodzieżowego Centrum Profilaktyki "Alternatywa" 23 czerwca 2003 roku powstało Stowarzyszenie "Nasza Alternatywa". Od 2009 r. MCP "Alternatywa" jest administrowana przez Terenowy Oddział Polskiego Towarzystwa Zapobiegania Narkomanii w Lesznie. Przewodniczącym Oddziału TZN jest Eligiusz Klawiński.